Alois Musil se narodil v Rychtářově, moravské vsi poblíž Vyškova, jako nejstarší z pěti dětí. Během gymnaziálních studií se rozhodl ulehčit své rodině materiální strádání na zadluženém statku a vstoupil do teologického semináře. Po vysvěcení na kněze působil na farnosti v Moravské Ostravě. Vedle náročné práce se jako člověk vysoce intelektuálně nadaný prohluboval své znalosti studiem. V roce 1895 byl promován doktorem teologie.

V průběhu doktorských studií se dozvěděl, že francouzští dominikáni otevřeli v Jeruzalémě školu pro biblická studia. Od svého bývalého učitele arcibiskupa Theodora Kohna si vyprosil souhlas ke studiu a malé stipendium. V listopadu 1895 odcestoval poprvé do Orientu, s cílem proniknout v autentickém prostředí do samotných základů křesťanství.

Krátce po příjezdu do Jeruzaléma se počátkem února 1896 vydal se školní výpravou do Egypta. Expedice se vracela zpět po hypotetické trase Exodu přes klášter svaté Kateřiny na Sinaji. Musil si později stěžoval, že byla pojata příliš turisticky, ale z dochovaných pramenů vyplývá, že byl cestováním nadšen. Školní výprava rozhodně poskytla důležitý impuls a mladý badatel začal sám vyjíždět na krátké cesty do bližšího i vzdálenějšího okolí. Plný cestovatelského nadšení se hned o prázdninách v roce 1896 vydal za řeku Jordán, aby prozkoumal kraje druhé části Exodu.

V únoru 1897 Musil změnil své působiště a pokračoval ve studiu mezi jezuity v Bejrútu. Díky finančním prostředkům získaným od krajanských mecenášů mohl začít cestovat po Arábii. Pro Musila začalo období výzkumných výprav korunovaných významnými objevy. Stal se dokonce spolunáčelníkem dvou beduínských kmenů. Přivážel si stovky okopírovaných nabatejských a řeckých nápisů, náčrtků, fotografií, ale i množství biblistických, topografických, etnografických a botanických poznatků. Na druhou stranu také podlomené zdraví – malárii a spoustu šrámů z opakovaných, životu nebezpečných loupežných přepadení a bitek s arabskými kočovníky.

Výsledky svých cest z přelomu 19. a 20. století publikoval ve Vídni. Svůj nejvýznamnější objev, doklady raného islámského umění v zámku  Qusajr cAmrapodrobně rozebral ve výpravné dvoudílné publikaci Kusejr Amra. V té době šlo o zcela mimořádné dílo. Císařem Františkem Josefem I. byl Musil oceněn Řádem železné koruny III. třídy.

Po úspěšném publikování svých dosavadních objevů a poznatků se Musil v letech 1908–1909 znovu vydal do Orientu, tentokrát na téměř roční cestu zaměřenou na topografický výzkum severní Arábie mezi Palestinou a Mezopotámií, spojený s výzkumem etnografickým. Žil s beduíny kmene Ruwala vedenými náčelníkem Núrím, který ho již dříve přijal za svého bratra a ustanovil ho šejchem svého kmene.

Roku 1909 Musil zároveň definitivně opustil Olomouc. Už v roce 1908 lákali Musila do Prahy, Musil se však rozhodl odejít do Vídně, protože tamější univerzita mu nabízela lepší podmínky k práci a navíc z ní bylo do Rychtářova podstatně blíže než z Prahy. Musil sice odešel do Vídně za prací, ale kdykoliv to bylo možné, vracel se na Moravu a vypomáhal rodině na jejich statku.

V roce 1909 byla v Rychtářově dokončena výstavba rodinného domu, který pojmenoval Vila Músa. Její název byl odvozen od pojmenování, pod kterým byl Musil znám mezi beduíny – Músá šajch Číkí nebo častěji, podle kmene Banú Ruwala, Músá ar-Ruwajlí (Músá znamená v arabštině Mojžíš, což se mohlo vztahovat jak k zájmu Musila o starozákonní dějiny, tak představovat zkomolenou variantu jeho příjmení). Dům postupně vybavil orientálním nábytkem a zahradu i široké okolí vlastnoručně osázel stovkami ovocných stromků.

V roce 1912 se vypravil na území dnešní Sýrie a Iráku jako průvodce Sixta de Bourbon-Parma, bratra arcivévodkyně a příští císařovny Zity, který si přál Musilův doprovod na lovecké výpravě. Ta se nakonec změnila ve vědeckou expedici plnou nebezpečných situací, v nichž se oba muži spřátelili. Musilovi otevřela dveře k arcivévodovi Karlovi Habsburskému a jeho manželce Zitě. Blízké vztahy s císařským párem mu během první světové války pomohly při intervenci za „vlastizrádce“ Karla Kramáře a Aloise Rašína, za vzbouřené námořníky v boce Kotorské a řadu krajanů, kteří díky němu nemuseli narukovat do války.

Důvěra dvora mu přinesla novou, politickou roli. Na počátku první světové války, v letech 1914–1915 odcestoval do Orientu jako císařský dvorní rada. Cílem výpravy bylo sjednotit znesvářené arabské kmeny a pohnout je k podpoře neoblíbené osmanské vlády v boji proti Dohodě, nepřátelům c. a k. monarchie. Podobný úkol měla i mise v roce 1917, kterou absolvoval ve vojenské uniformě. Byla to jeho poslední, osmá cesta na Blízký východ.

Přechod do Prahy po rozpadu Rakouska-Uherska nebyl pro Musila nijak jednoduchý. Poslanec Otakar Srdínko proti němu brojil v parlamentu z pozic českého nacionalismu, objevily se útočné články v tisku kritizující ho jako habsburského lokaje apod. 21. ledna 1920 byl Alois Musil jmenován řádným profesorem na Karlově univerzitě. Významnou roli Musil sehrál při založení Orientálního ústavu v Praze, které rovněž podpořil prezident Masaryk. Nová instituce měla být vybudována po vzoru dřívější C. K. orientální a zámořské společnosti, jejímž byl Musil významným členem.

Byl to rovněž T. G. Masaryk, který přiměl Musila, aby své celoživotní dílo, šestidílné Oriental Explorations and Studies, vydal kvůli propagaci Československa anglicky v USA. V květnu roku 1922 seznámil Masaryk Musila s průmyslníkem a mecenášem Charlesem Richardem Cranem. Masaryk i Crane chápali význam Musilova díla. Crane přispěl částkou 25 000 dolarů Americké zeměpisné společnosti, jež se vydávání šestisvazkového díla skutečně ujala. V červnu 1923 odjel Musil do USA, ale po několika měsících se přesunul do Londýna, kde pracoval až do srpna následujícího roku. Mezi Československem a USA se pohyboval až do března 1928, kdy se natrvalo vrátil domů. V letech 1926–1928 v New Yorku vyšlo Musilovo souhrnné dílo: šest knih a tři mapy.

Později Alois Musil žil v Otrybech u Českého Šternberku. Svou přednáškovou činnost sice ukončil v červnu 1937, avšak i poté pokračoval v publikování vědeckých i populárních prací a článků. Profesor Alois Musil zemřel v Otrybech 12. dubna 1944 a spočinul na hřbitově v Českém Šternberku po jednoduchém smutečním obřadu. V roce 1968 byly jeho ostatky v rámci oslav 100. výročí narození převezeny na Moravu, do rodinné hrobky v Rychtářově.

Musilovy poznatky zůstávají dodnes pro badatele nenahraditelným zdrojem informací. Jeho vědecký záběr byl obrovský a stejně rozsáhlé je i zanechané dílo. Vydal 54 knižních titulů, včetně dobrodružné literatury vysoké kvality, a přes 1200 odborných i populárních článků. Jako katolický kněz a „exponent rakousko-uherského dvora i buržoazního Československa“ byl komunistickým režimem systematicky vytěsňován z čítanek i z kolektivní paměti. Dodnes se nepodařilo dosáhnout nápravy tohoto stavu.

Životní dílo a odkaz Aloise Musila studuje a popularizuje od roku 2008 Akademická společnost Aloise Musila.

O svém životě Alois Musil napsal: „Tvořila mne poušť a životní bída, v poušti mi nepomohly ani tituly, ani řády, byl jsem odkázán jen sám na sebe a na Boha. Vědomí, že konám svou povinnost, je nejlepším uznáním a jedinou plnou odměnou.“

Zdroj: Akademická společnost Aloise Musila,